Les aléas de l’histoire ont accordé à la ville un destin mouvementé et, partant, des rattachements forts divers. Après avoir appartenu aux comtes d’Alsace, le noyau urbain devint propriété de l’abbaye de Moutier-Grandval, tandis que la colline sud, qui vit s’ériger l’église de Saint-Pierre, dépendait du couvent de Bellelay. Au Nord, les comtes de Ferrette possédaient la région du Château. En 999, le roi de Bourgogne, Rodolphe III, donna à l’évêque de l’Evêché de Bâle l’abbaye de Moutier-Grandval. Ce don fit du prélat de la ville rhénane un prince, en plus de l’évêque qu’il était. A partir de cette date et jusqu’en 1270, les princes-évêques successifs de Bâle procédèrent à des achats divers et l’Ajoie devint partie intégrante de leurs terres.