Les troubles contre l’absolutisme marquèrent la période de 1727 à 1740. La révolte populaire fut incarnée par Pierre Péquignat et les commis d’Ajoie qui s’insurgeaint des réformes menées par le prince-évêque pour instaurer une administration moderne et centralisée. Ces réformes furent perçues différemment et interprétées comme une volonté de réglementer la vie publique et de s’octroyer tous pouvoirs.

En 1739, vu l'insuccès des médiateurs de l'Empire et des cantons catholiques, le prince-évêque conclut une alliance avec le Roi de la France Louis XV afin de mater cette rébellion et de rétablir l’ordre par la force. Il en découla l’exécution des meneurs qui eut lieu devant l’Hôtel de ville de Porrentruy le 31 octobre 1740. La cellule dans laquelle était retenue Pierre Péquignat est visible au château dans le cadre de la visite du Circuit secret.