Les troupes révolutionnaires françaises envahirent le pays qui forma d’abord la République rauracienne de durée éphémère, avant d’être réunie à la grande République française. Porrentruy cessa alors d’être la capitale de l’Evêché de Bâle après 264 ans, ce qui lui avait valu des jours de splendeurs certes, mais aussi bien des vicissitudes ! La ville n’accueillit dès lors plus de prince-évêque, elle fut pendant sept ans le chef-lieu du département français du Mont-Terrible, département absorbé ensuite par celui du Haut-Rhin; Porrentruy ne fut plus qu’une modeste sous-préfecture française jusqu’en 1814.