Malgré le siège épiscopal, la Réforme arriva tout de même à Porrentruy et les bourgeois adoptèrent cette nouvelle religion. Les trois premiers princes-évêques ne s’y opposèrent pas formellement, mais l’arrivée en 1575 d’un nouveau prince-évêque, Jacques-Christophe Blarer de Wartensee, un saint-gallois, changea l’ambiance. Ce dernier exigea que les habitants de la principauté épiscopale reviennent à la religion catholique sous peine d’être expulsés.

La fin du XVIe siècle est marquée par la présence de ce prince-évêque qui fut à n’en pas douter le plus illustre. Jacques-Christophe Blarer de Wartensee régna jusqu’en 1608. Ce seigneur rénova le château, créa le Collège des Jésuites et assura la fondation d’une imprimerie. La ville connut une ère de prospérité.