En ce XIIIe siècle finissant, une partie de l’Ajoie, dont Porrentruy, est occupée par Renaud de Bourgogne. Henry d’Isny, prince-évêque de Bâle, fit appel à son ami et protecteur l’empereur Rodolphe de Habsbourg, afin qu’il l’aida à recouvrer ses propriétés ajoulotes. L’empereur vint donc faire le siège à Porrentruy. Après six semaines, l’usurpateur bourguignon se rendit et restitua ses biens au prince-évêque.

L’acte solennel de restitution fut suivi d’un acte plus particulier : l’octroi de la fameuse charte de franchises à la ville, le 20 avril 1283, par laquelle Rodolphe de Habsbourg accorda aux Bruntrutains les mêmes avantages que ceux concédés à Colmar en y ajoutant le droit de tenir marché le jeudi, ce qui se fait encore actuellement. La ville fut dès lors administrée par une partie de ses habitants, les bourgeois ; elle adopta un emblème : le sanglier.