La cité fut assiégée et occupée à plusieurs reprises par des troupes diverses, françaises et suédoises.

Alors que plusieurs villages alentours furent saccagés, en 1634, Porrentruy a été sauvée miraculeusement. Une nappe de brouillard masqua la ville aux envahisseurs suédois qui se retirèrent. Est-ce le résultat des prières des religieuses ? En tous les cas, les bourgeois érigèrent la chapelle de Lorette pour rendre grâce au ciel de cette protection.

La guerre de Trente Ans (1618-1649) mit toutefois fin à une période prospère.